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标 题: 谈谈和蛋白打交道的日子（八）轮回
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Aug 31 01:14:03 2014, 美东)
谈谈和蛋白打交道的日子 （八）
第八篇 轮回
引子
主题构思于美国独立日，一个国家的生日。每一个新事物的产生，往往都伴随着老事物
的离去。日月轮回， 周而复始。这在LIVE乐队一首经典的Lighting Crashes MTV里，
有着令人心动的视觉体现。旋律混合着实验室几个人深夜coffee break的aroma，深深
印在脑海：
oh now feel it comin' back again
like a rollin' thunder chasing the wind
forces pullin' from the center of the earth again
I can feel it.
这次来简单思考一下轮回吧。
最近施一公与Sjors Scheres合作得到了4.5A 分辨率γ secretase的晶体结构， 和
amyloid生成相关， 涉及到了蛋白在体内轮回的重要性，特别是在neurological
diseases的集中体现。
蛋白aggregation是一点一滴积累起来的，一旦形成就很难被细胞正常的protein
degradation机制消化掉。大量垃圾没有得到清除，如果发生在brain里，中枢系统就会
乱套了。比如疯牛病的prion，老年痴呆的amyloid引起的plagues以及帕金森的alpha
synuclein的Lewy body。如果看到了亲人被这种疾病折磨，体会的就不只是这些名词理
论了。听过一个业界大牛关于neurological diseases方面的讲座。报告后和他讨论，
他最遗憾的就是，能做的只是对于已经发生了的事件的分析， 比如脑切片样品都是来
自于已离世的病人。研究带给他很大的荣誉，但是还没有得到切实可行的提前检验，防
御以及好的治疗方法， 这是激励着他不停的进行一轮又一轮研究的动力。如果能找到
方法防微杜渐，延迟或去除蛋白的aggregates， 起码病人的生活质量会得到提高。
而我们对于每一件事情的了解和认知，也会随着时间以及经验的积累而发生改变。不断
地适应这种改变，会让自己always on top of things， 也会让时间这个谁也不会战胜
的对手，为自己服务了。
这种理念上的轮回，体现在了有一年的“junk DNA”和“pseudogene”的讨论里。刚开
始大规模测序的时候，大众意见是这些序列的用处不大。一个巴西来的postdoc发言说
，everything exists for a reason; we should explore their function. 有个当时
大家都比较崇拜的，已发过Nature文章的研究生反驳， well， they are called “
junk” and “pseudo” because they are so， why bother. 巴西postdoc没有多说
什么，只是重复了一句，everything exists for a reason。 讨论过后，还有人私下
里嘲笑了这个巴西同行。这个postdoc后来真的进行了一些pseudogene的研究，得到了
让人刮目相看的成绩。而所谓的“junk DNA”的用处这次就不多扩展了。如果当时那些
嘲笑他的人们现在还记得这次讨论，会不会敬佩这位巴西同行了呢？
有的时候， 轮回也可能体现的是一种坚持和醒悟。
那阵子，Lac repressor的tetramer结构解出来了。学校请来了正炙手可热的教授给
seminar， 很精彩的讲座。然后就是和学生座谈。他很兴奋， 讲了很多关于他对于这
个结构十几年的， 近乎addicted的不懈追逐。那时正在研究一个transcription
factor的功能和结构，所以听得很专注。他忽然停了一下，说， well，to realize my
dream of solving this structure， a lot of students got sacrificed；this
project is too hard, so they also have to work on some small nonsense
projects in order to graduate。我当时的表情应当是惊讶与disgusted。他看到了我
的表情，脸上很痛苦的尴尬了几秒钟，才又恢复侃侃而谈。后来transcription factor
project进展的不顺利，让我想到了他的话，也感受到了他的痛苦，就同时开始了一个
小一点的project，很快就做成了。确实，如果一味追求big，hot project，说不定真
是做不成一个完整的项目，毕不了业， 那怎么进行下一轮的研究呢？一个小的进步也
会让自己更有信心去conquer bigger projects。
任何一个大的可以看得见的结果或是业绩，都是从一件件小事情的发生和完成开始的，
周而复始， 不断地轮回。
-CoinByCoin
August 30th, 2014
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Sunday, August 31, 2014
谈谈和蛋白打交道的日子（八）轮回
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